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En janvier 2009, cette expérimentation s’inscrivait dans la dynamique de mise en place des nouvelles Agences régionales de santé (ARS). L’objectif visait la participation de tous les acteurs de la santé (soignants mais aussi élus, patients, usagers…) à un projet élaboré en commun.
L’arrêté définissant le territoire de santé a été signé par la Directrice générale de l’ARS de Franche-Comté le 6 décembre 2010. Cette décision est l’aboutissement d’échanges très riches ayant associé tous les acteurs, au sein de la Conférence régionale de la santé et de l’autonomie (CRSA). Puis ce fut le temps d'une large concertation régionale avec les Présidents des conseils généraux et Monsieur le Préfet de Région.