Dans le cadre des travaux préalables à l’élaboration du Projet régional de santé (PRS), l’ARS a réalisé un état des lieux sur la santé des Francs-Comtois et l’offre de santé dans ses quatre champs de compétence : promotion de la santé et prévention, soins ambulatoires, soins hospitaliers et offre médico-sociale. Ce travail a pour but d’apporter un diagnostique partagé aux différents acteurs et décideurs francs-comtois de la santé, ainsi qu’aux membres de plusieurs instances mises en place par l’ARS.

Le PRS définit pour 5 ans (2011-2015) les objectifs de l'ARS ainsi que les mesures permettant de les atteindre. Dans notre région, le processus d'élaboration a débuté en janvier 2010 et s'achèvera en décembre 2011. Durant toute cette période, plusieurs étapes sont à franchir. En effet, le PRS est structuré par différents éléments : un plan stratégique régional de santé, de trois schémas régionaux de mise en œuvre en matière de prévention, d'organisation de soins et d'organisation médico-sociale ainsi que des programmes déclinant les modalités spécifiques d'application de ces schémas.

Outil de management interne, le Projet d’Agence est aussi une première réponse aux attentes extérieures, permettant d'assurer la transition entre le moment de la création de l'Agence et l'achèvement des travaux du PRS. Il est construit autour de trois axes : réduire les inégalités territoriales et sociales en santé ; optimiser les pratiques professionnelles et les financements ; territorialiser la politique de l'agence. Ces orientations se traduiront par des actions concrètes qui seront rapidement mises en œuvre  sur la période 2010-2011.

Une consultation très riche de l'ensemble des acteurs francs-comtois a permis à la Directrice Générale de l'ARS de Franche-Comté de proposer que la région devienne l'espace majeur de l'offre de santé et de la démocratie sanitaire. La Franche-Comté comptera donc un seul territoire de santé et 4 espaces d'animation territoriale conformes aux territoires, proposés par la Conférence régionale de la santé et de l'autonomie lors de sa séance du 30 septembre 2010 : l'espace central (Besançon, Dole), l'espace de Haute-Saône (Vesoul, Lure, Luxeuil, Gray), l'espace de l'Aire urbaine (Belfort, Montbéliard, Héricourt) et l'espace de l'Arc jurassien (Lons, Pontarlier).