Il consiste à rémunérer la coordination, en particulier le management de la structure elle-même (embauche de personnel dédié, organisation des plannings, contacts des patients afin d’assurer une meilleure prise en charge (vaccin, dépistage cancer…), ainsi que le temps passé à la concertation (revue de dossiers, staff interdisciplinaire, formation…).

L'Agence régionale de santé de Franche-Comté, la Caisse primaire d'assurance maladie du Doubs, la Mutualité Française Franche-Comté et les mutuelles volontaires ont signé le 1er mars 2011 avec les 8 premiers sites  volontaires une convention autorisant la rémunération par forfait des professionnels de santé proposant des programmes d'éducation thérapeutique du patient. Les sites en question sont les huit structures de regroupements de professionnels de santé ayant déjà signés le module 1 : les Maisons de santé de Baume-les-Dames, Besançon, Bletterans, Beure et Pagney, les Pôles de santé des Errues et Montenois, le Centre de santé de Belfort.

L'éducation thérapeutique du patient vise à aider les malades ou leur entourage à acquérir ou maintenir les compétences dont ils ont besoin pour gérer leur affection, de façon plus autonome : diabète, asthme, broncho-pneumopathie chronique obstructive, insuffisance cardiaque, hypertension artérielle. Ces séances sont organisées par l’ensemble des équipes pluriprofessionnelles (médecin, infirmier, podologue, éducateur médico-sportif, psychologue…). Ainsi, au travers de ce dispositif innovant, les équipes pluri-professionnelles réalisant ces consultations peuvent désormais être rémunérées par le biais d'un forfait par patient. En Franche-Comté, il s'agit des séances concernant le diabète non insulino-dépendant, les anticoagulant et les facteurs de risque cardio-vasculaires.