L'ARS assure la veille sanitaire en Franche-Comté et la mise en œuvre des mesures de prévention et/ou de gestion nécessaires. Cela consiste notamment en la surveillance de maladies infectieuses ou non, susceptibles d'avoir un impact sur la santé de la population. Certaines sont à déclaration obligatoires (les MDO), d'autres ne le sont pas mais doivent faire l'objet d'un signalement à l'ARS.

 Principales maladies à déclaration obligatoire (MDO)

 Autres maladies infectieuses : d'autres maladies que les maladies à déclaration obligatoire (MDO), sont surveillées, investiguées et gérées, le cas échéant, par l'ARS, du fait de leur potentiel épidémique, de leur gravité ou de leur particularité régionale.
• Grippe
•  Hantavirus           
•  Maladies à tiques         
• Echinoccocose        
• Gale