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Elle exerce en dehors des séances plénières l'ensemble des attributions dévolues à la Conférence. Elle est chargée de préparer l'avis rendu par la Conférence sur le plan stratégique régional de santé, de rendre un rapport annuel d'activité, de formuler un avis lorsque la consultation de la Conférence implique l'avis de plus de deux commissions spécialisées, de préparer les éléments soumis au débat public.
Le Président de la Commission permanente est celui de la Conférence régionale de la santé et de l'autonomie.
Il s'agit de Monsieur Bruno HERRY, Mutualité Française Doubs
Les Présidents des commissions spécialisées agissent en qualité de Vice-Présidents :
- Commission prévention : Christophe MADIKA
- Commission soins : Jean-Michel BADET
- Commission médico-social : Nathalie BERTIN
- Commission usagers : Cécile PETIT-DESPREZ 
Voir l'arrêté n° 2012.063 en date du 13 avril 2012 modifiant l'arrêté du 28 juillet 2010 fixant la liste des membres de la commission permanente de la Conférence régionale de la santé et de l'autonomie de Franche-Comté
La réunion du 5 août 2010
La réunion du 7 septembre 2010 La réunion du 24 septembre 2010 La réunion du 1er décembre 2010 La réunion du 21 mars 2011 La réunion du 9 juin 2011 
La réunion du 19 septembre 2011
La réunion du 30 novembre 2011 : voir le compte-rendu
La réunion du 27 mars 2012 : voir le compte-rendu
État de santé et Offre de santé en Franche-Comté (PDF - 5,28Mo)
Eléments complémentaires sur l'offre de santé ambulatoire en Franche-Comté (PDF - 1,13Mo)